In de CGT zijn gaandeweg verschillende protocollaire behandelingen uitgewerkt en beschikbaar voor specifieke en veel voorkomende problemen. Protocollaire behandelingen vertalen de stand van zaken van de huidige evidence-based kennis en evolueren voortdurend. Zowel voor volwassenen als voor kinderen en jongeren bestaan stapsgewijs beschreven behandelingen.
Voor kinderen en jongeren enkele voorbeelden: voor angst en depressie (FRIENDS), dwangstoornissen ('bedwing je dwang'), traumatische ervaringen bij jongeren (STEPS)
Voor volwassenen zijn er eveneens verschillende programma's beschreven voor rouw, gegeneraliseerde angststoornis, depressie, post-traumatische stress-stoornis, OCS en noem maar op.
In de praktijk worden protocollaire behandelingen gebruikt indien ze de cliënt op het lijf geschreven zijn, indien niet wordt een geïndividualiseerd behandelplan opgezet.
Het filmpje hiernaast verduidelijkt (in het Engels) het evidence-based karakter en de visie van CGT.